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學校建設(shè)有先進的教學與科研基地，現(xiàn)有2個黑龍江省重點實驗室(抗纖維化生物治療實驗室、麻醉與危重病學實驗室)，2個黑龍江省高校重點實驗室(組織損傷與修復實驗室、腫瘤疾病防治實驗室);依托學校建有黑龍江省生物醫(yī)藥技術(shù)服務(wù)平臺、黑龍江省博士后創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實踐基地、黑龍江省高校校企共建工程技術(shù)研發(fā)中心和牡丹江市北藥開發(fā)實驗基地等科研平臺;基礎(chǔ)醫(yī)學實驗教學中心、臨床技能實驗教學中心和藥學實驗教學中心為黑龍江省實驗教學示范中心。
近年來，學校教師參加教材編寫230部，其中主編教材69部;承擔國家級、省部級科研課題120多項;承擔省部級教育教學研究課題83項;獲得省部級科學技術(shù)獎29項、省部級教學成果獎8項;發(fā)表學術(shù)論文5489篇，其中被三大檢索收錄論文272篇。2009年，合作獲得國家技術(shù)發(fā)明二等獎1項。《牡丹江醫(yī)學院學報》在國內(nèi)外公開發(fā)行。
